1918 m. Lietuvai paskelbus Nepriklausomybę, pradėjus formuoti valstybines valdžios ir valdymo institucijas, 1919 m. sausio 16 d. buvo įsteigta Valstybės kontrolė ir paskirtas pirmasis jos vadovas Kostas Daugirdas. Netrukus priimtas ir pirmasis Valstybės kontrolės įstatymas. Jis oficialiai įteisino istorinį institucijos pavadinimą – Valstybės kontrolė.
Institucijos funkcijos buvo reglamentuojamos visose Lietuvos konstitucijose, taip pat nustatyta, jog valstybės kontrolierių skiria Prezidentas. Apie institucijos svarbą ir reikšmę jaunai valstybei kalba tai, kad Laikinosios Konstitucijos pamatiniai dėsniai iš viso turėjo 42 straipsnius ir net 9 iš jų buvo skirti Valstybės kontrolės veiklai reglamentuoti.
1990 m. kovo 11 d. atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę, prasidėjo naujas valstybės, o kartu ir Valstybės kontrolės, raidos etapas. Institucija buvo apibrėžta kaip Aukščiausiajai Tarybai – Atkuriamajam Seimui atskaitingas organas, tikrinantis valstybės finansinių ir materialinių išteklių naudojimo teisėtumą, tikslingumą ir efektyvumą, taip pat – valstybės turto apsaugą. 1992 m. Valstybės kontrolė tapo Tarptautinės aukščiausiųjų audito institucijų organizacijos INTOSAI nare, o 1993 m. įstojo į EUROSAI – Europos aukščiausiųjų audito institucijų organizaciją.
2003 m. institucijai buvo suteikti nauji įgaliojimai – audituoti ES paramos fondų lėšų, skirtų Lietuvai, panaudojimo teisėtumą bei efektyvumą, valstybės biudžeto lėšų, skiriamų savivaldybių biudžetams, naudojimą. Nuo 2015 m. Valstybės kontrolei priskiriama biudžeto politikos kontrolės institucijos funkcija.
Prieš Lietuvai tampant ES nare, 2002 m. įstatymu buvo nustatytas naujas Valstybės kontrolės teisinis statusas – aukščiausioji valstybinio audito institucija. Taigi, kontrolės funkciją pakeitė auditas. Nuo tada pirmą kartą nacionalinėje teisėje buvome įvardyti kaip aukščiausioji valstybinio audito institucija. Šis pavadinimas atspindi institucijos funkcijas, statusą, paskirtį ir yra atpažįstamas tarptautiniu lygiu. Toks užrašas ant mūsų pastato sienos šiuo metu pasitinka institucijos darbuotojus ir svečius. Detalesnę mūsų institucijos istoriją rasite čia: