
SVARBU:
Nuo 2013 m. lapkričio 14 d. Seimo nutarimu Valstybės kontrolė buvo įpareigota atlikti 2014–2020 metų Europos Sąjungos struktūrinės paramos valdymo ir kontrolės sistemos institucijų atitikties jų paskyrimo kriterijams auditą ir vykdyti 2014–2020 metų Europos Sąjungos struktūrinės paramos veiksmų programos audito institucijos funkcijas. Nuo 2025 m. balandžio 30 d. šios funkcijos Valstybės kontrolė nebevykdo (2020 m. lapkričio 25 d. Vyriausybės nutarimu Nr. 1322 ji perduota LR Finansų ministerijai).
Europos Sąjungos investicijų auditą Lietuva privalo atlikti pagal Europos Tarybos ir Europos Komisijos reglamentus. Visos į 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos valdymo ir kontrolės sistemą įtrauktos institucijos, kiek jų veikla yra susijusi su šių investicijų administravimu, yra audito subjektai.
Įvertinusi visus audito metu surinktus audito įrodymus apie 2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos valdymo ir kontrolės sistemos veikimą, Europos Komisijai deklaruotų išlaidų teisėtumą ir sąskaitose pateiktos informacijos teisingumą, audito institucija parengia valstybinio audito ataskaitą ir išvadą.
VEIKSMŲ PROGRAMOS
Pagal Lietuvos partnerystės sutartį, kuri apibrėžia Europos struktūrinių ir investavimo fondų naudojimą 2014–2020 m., buvo parengtos trys veiksmų programos:
- 2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programa, kuri apima Europos socialinį fondą (1,127 mlrd. Eur), Europos regioninės plėtros fondą (3,501 mlrd. Eur), Sanglaudos fondą (2,049 mlrd. Eur) ir Jaunimo užimtumo iniciatyvą (31,8 mlrd. Eur),
- Lietuvos 2014–2020 m. kaimo plėtros programa, apimanti Europos žemės ūkio fondą kaimo plėtrai (1,613 mlrd. Eur),
- Žuvininkystės sektoriaus veiksmų programa, apimanti Europos jūrų reikalų ir žuvininkystės fondą (0,063 mlrd. Eur).
Valstybės kontrolės Europos Sąjungos investicijų audito departamentui yra pavesta atlikti 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos audito institucijos funkcijas, nurodytas Europos Parlamento ir Tarybos reglamento (ES) Nr. 1303/2013 127 straipsnyje.

EUROPOS SĄJUNGOS INVESTICIJŲ AUDITAS
2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos auditas suplanuotas taip, kad atitiktų Europos Parlamento ir Tarybos reglamento (ES) Nr. 1303/2013 reikalavimus ir būtų atliekamas pagal Tarptautinės aukščiausiųjų audito institucijų organizacijos (INTOSAI) parengtus tarptautinius aukščiausiųjų audito institucijų standartus (ISSAI), Europos Komisijos gaires (EK gairės) ir audito institucijos parengtą Audito strategiją.
Deklaruotų išlaidų auditas atliekamas remiantis reprezentatyviąja imtimi taikant statistinius imties nustatymo metodus.

AUDITO ATASKAITINIS IR ATLIKIMO LAIKOTARPIS
Aukščiausioji audito institucija pateikia laikotarpio nuo N-ųjų metų liepos 1 d. iki N+1 metų birželio 30 d. valstybinio audito ataskaitą ir išvadą. Audito ataskaita ir nuomonė pateikiama iki N+2 metų vasario 15 d.
Audito procedūros atliekamos nuo N-ųjų metų liepos iki N+2 metų vasario mėnesio.

AUDITO SUBJEKTAI
Vyriausybei patvirtinus Atsakomybės ir funkcijų paskirstymo tarp institucijų taisykles, Lietuvoje 2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programai įgyvendinti sukurta valdymo ir kontrolės sistema. Finansų ministerijai pavesta atlikti šios veiksmų programos Vadovaujančiosios institucijos ir Tvirtinančiosios institucijos funkcijas. Dalis Vadovaujančiosios institucijos funkcijų, numatytų Europos Parlamento ir Tarybos reglamento (ES) Nr. 1303/2013 125 straipsnyje, Vadovaujančiosios institucijos atsakomybe pavesta atlikti tarpinėms institucijoms.
Visos į 2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos valdymo ir kontrolės sistemą įtrauktos institucijos, kiek jų veikla yra susijusi su Europos Sąjungos investicijų administravimu, yra audito subjektai.

EUROPOS SĄJUNGOS INVESTICIJŲ AUDITO ATASKAITOS IR IŠVADOS RENGIMAS
Įvertinusi visus audito metu surinktus audito įrodymus apie 2014–2020 m. Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos valdymo ir kontrolės sistemos veikimą, Europos Komisijai deklaruotų išlaidų teisėtumą ir sąskaitose pateiktos informacijos teisingumą, audito institucija parengia valstybinio audito ataskaitą ir išvadą.

BENDRADARBIAVIMAS
Aukščiausioji audito institucija aktyviai bendradarbiauja su Europos Komisija, Europos Audito Rūmais ir kitų valstybių narių audito institucijomis dalyvaudama:
