Audito padaliniai
Atitikties audito departamentas
Atlieka valstybinius atitikties auditus ir vertina audituojamo subjekto veiklos atitiktį teisės aktų ir (ar) kitiems reikalavimams.
Finansinio audito 1-asis departamentas
Atlieka valstybinius finansinius auditus – vertina valstybės ataskaitų rinkinio ir nacionalinio metinių ataskaitų rinkinio duomenų teisingumą ir valstybės skolos duomenis.
Finansinio audito 2-asis departamentas
Atlieka valstybinius finansinius auditus – vertina Privalomojo sveikatos draudimo fondo, valstybės socialinių fondų ir Pensijų anuiteto fondo metinių ataskaitų rinkinių teisingumą.
Informacinių technologijų audito departamentas
Atlieka IT veiklos, bendrosios kontrolės, IT projektų (informacinių išteklių kūrimo ir plėtros) auditus.
Veiklos audito 1-asis departamentas
Atlieka sisteminius veiklos auditus (3E) ar bet kurios viešojo sektoriaus srities veiklos auditus, kurių objektas – srities (sistemos) valdymas.
Veiklos audito 2-asis departamentas
Atlieka veiklos auditus (3E), kurių objektas – organizacija ar programa ir jų valdymas, tam tikros viešojo sektoriaus įstaigų funkcijų vykdymas, programų tinkamumas.
Veiklos audito 3-iasis departamentas
Atlieka veiklos auditus (3E), kurių objektas – sistema ar programa, siejama su fizine infrastruktūra ar tam tikros viešojo sektoriaus srities projektais ir jų valdymu.
Veiklos audito 4-asis departamentas
Atlieka vertinimus, ex-ante vertinimus, rekomendacijų įgyvendinimo auditus ir veiklos auditus (3E) ar bet kurios viešojo sektoriaus srities veiklos auditus.
Europos Sąjungos investicijų audito departamentas
Atlieka 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programai įgyvendinti sukurtos valdymo ir kontrolės sistemos ir Europos Komisijos deklaruojamų lėšų tinkamumo auditus.
Biudžeto politikos kontrolės institucijos funkcijas vykdantis padalinys
Biudžeto stebėsenos departamentas
Departamentas atlieka Fiskalinės sutarties įgyvendinimo konstituciniame įstatyme ir Valstybės kontrolės įstatyme nustatytas biudžeto politikos kontrolės institucijos funkcijas, teikia biudžeto stebėsenos išvadas ir vertinimus.
Administraciniai padaliniai
Administravimo departamentas
Departamentas užtikrina teisėtą ir efektyvų Valstybės kontrolės informacijos ir dokumentų valdymą, tinkamą įslaptintos informacijos administravimą ir apsaugą bei viešųjų ir privačių interesų deklaravimą, Valstybės kontrolės funkcijoms įgyvendinti reikalingo turto teisėtą, efektyvų ir racionalų planavimą, įsigijimą, naudojimą, administravimą ir priežiūrą, teisėtą viešųjų pirkimų organizavimą ir vykdymą, tinkamas ir saugias darbo sąlygas Valstybės kontrolės darbuotojams, efektyvų dokumentų valdymo ir materialinių išteklių valdymo procesų įgyvendinimą, koordinuoja Valstybės kontrolės dokumentų valdymo posistemio plėtrą, aprūpina Valstybės kontrolės darbuotojus reikalingu turtu ir paslaugomis.
Finansų departamentas
Departamentas formuoja efektyvią ir racionalią Valstybės kontrolės finansinių išteklių ir buhalterinės apskaitos politiką, užtikrina Valstybės kontrolės finansų ilgalaikį ir trumpalaikį planavimą. teisingą Valstybės kontrolės buhalterinės apskaitos tvarkymą, efektyvų finansinių išteklių valdymo procesą.
Informacinių technologijų departamentas
Departamentas formuoja nuoseklią informacinių technologijų naudojimo Valstybės kontrolėje strategiją ir organizuoja jos įgyvendinimą, koordinuoja Valstybės kontrolės informacinių sistemų projektavimo, diegimo, palaikymo, sąveikos ir plėtros darbus, užtikrina Valstybės kontrolės funkcijoms įgyvendinti reikalingų informacinių technologijų turto, išskyrus telefono ryšio įrangą, teisėtą, efektyvų ir racionalų planavimą, įdiegimą, naudojimą, administravimą ir priežiūrą, teikia Valstybės kontrolės darbuotojams jų funkcijoms atlikti reikalingas informacinių technologijų paslaugas ir užtikrina jų kokybę.
Inovacijų ir metodologijos departamentas
Departamentas formuoja Valstybės kontrolės veiklos inovacijų politiką, valstybinio audito proceso politiką, tobulina valstybinio audito ir valstybinių auditorių atliekamų vertinimų metodiką ir kokybės užtikrinimo sistemą, organizuoja savivaldybių kontrolės ir audito tarnybų atliktų auditų kasmetinę išorinę peržiūrą.
Komunikacijos departamentas
Departamentas užtikrina efektyvų komunikacijos procesą institucijoje, kad suinteresuotosioms šalims būtų teikiama objektyvi, aktuali ir aiški informacija apie Valstybės kontrolės veiklą, užtikrina tinkamą asmenų prašymų nagrinėjimą ir jų aptarnavimą Valstybės kontrolėje, gerina Valstybės kontrolės įvaizdį šalyje ir tarptautinėje bendruomenėje, palaiko ir plėtoja tarptautinio bendradarbiavimo ryšius bei užtikrina tarptautinių įsipareigojimų tinkamą vykdymą, stiprina institucijos darbuotojų bendradarbiavimą vidinės komunikacijos priemonėmis.
Personalo departamentas
Departamentas formuoja ir įgyvendina personalo valdymo ir ugdymo politiką, užtikrina efektyvų personalo valdymo ir ugdymo procesą institucijoje.
Planavimo ir poveikio departamentas
Departamentas užtikrina, kad būtų nustatytos reikšmingiausios viešojo sektoriaus rizikos ir suplanuoti pagal aukščiausiosios audito institucijos kompetenciją auditai ir kiti vertinimai, skatina teigiamą ir veiksmingą valstybinio audito poveikį valstybės finansų valdymo ir kontrolės sistemai bei į rezultatus ir visuomenės poreikius orientuotam viešajam valdymui, užtikrina efektyvų valstybinio audito proceso įgyvendinimą.
Strateginio valdymo departamentas
Departamentas užtikrina efektyvų veiklos planavimo procesą ir stebėseną institucijoje, koordinuoja Valstybės kontrolės veiklos procesų valdymą, Valstybės kontrolės veiklos planavimo ir stebėsenos informacinės sistemos plėtrą.
Teisėtumo užtikrinimo departamentas
Departamentas užtikrina Valstybės kontrolės veiklos, rengiamų ir priimamų teisės aktų ir dokumentų teisėtumą, teisinio reguliavimo aplinkos poveikio Valstybės kontrolės veiklai stebėseną, tinkamą atstovavimą Valstybės kontrolei teismuose ir kitose institucijose, kai nagrinėjami teisinio pobūdžio
klausimai, dalyvauja įgyvendinant korupcijos prevencijos priemones, dalyvauja užtikrinant audito kokybę..
Vidaus audito tarnyba
Tarnyba tiria ir vertina Valstybės kontrolės valdymą, rizikos valdymą ir vidaus kontrolę, Valstybės kontrolės gautų Europos Sąjungos ir (arba) tarptautinės finansinės paramos lėšų panaudojimo administravimą, teikia valstybės kontrolieriui rekomendacijas dėl Valstybės kontrolės valdymo, rizikos valdymo ir vidaus kontrolės tobulinimo, konsultuoja valstybės kontrolierių, valstybės kontrolieriaus pavaduotojus ir struktūrinių padalinių vadovus Valstybės kontrolės valdymo, rizikos valdymo ir vidaus kontrolės klausimais.